Dalam melaksanakan tugas tersebut, Institut menyelenggarakan fungsi (Pasal 3 PMA 1/2021):
a. Perumusan dan penetapan visi, misi, kebijakan, dan perencanaan program
Institut merumuskan visi menjadi lokomotif pengembangan harmoni dan produktivitas ilmu pengetahuan berbasis keislaman dan teknologi, serta misi mewujudkan atmosfir akademik yang memadukan rasionalitas dan spiritualitas, layanan tata kelola yang transparan dan akuntabel, pemanfaatan produk akademik untuk kemanusiaan, dan penguatan jejaring mitra (Pasal 3–4 Statuta). Perencanaan program dituangkan dalam Rencana Induk Pengembangan (RIP) dan Rencana Kinerja Tahunan (RKT) yang disusun Rektor bersama organ Institut (Pasal 77 Statuta; Pasal 88 Statuta; Pasal 92 Statuta).
b. Penyelenggaraan dan pelaksanaan tridharma perguruan tinggi
Meliputi penyelenggaraan pendidikan (penerimaan mahasiswa, perkuliahan berbasis sistem kredit semester, penilaian pembelajaran, hingga pemberian gelar dan ijazah), penelitian, serta pengabdian kepada masyarakat, yang wajib diselenggarakan Institut sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan (BAB III Statuta, Pasal 14–25).
c. Pelaksanaan pembinaan sivitas akademika
Institut membina Sivitas Akademika (Dosen dan Mahasiswa) serta Tenaga Kependidikan, termasuk menjunjung tinggi kebebasan akademik, kebebasan mimbar akademik, dan otonomi keilmuan (Pasal 14 Statuta), mengatur hak dan kewajiban mahasiswa (Pasal 68–69 Statuta), serta pembinaan karier dosen dan tenaga kependidikan (Bagian Ketujuh Statuta, Pasal 64–67).
d. Pelaksanaan sistem penjaminan mutu
Institut melaksanakan penjaminan mutu pendidikan tinggi secara internal dan eksternal untuk memenuhi dan/atau melampaui Standar Nasional Pendidikan Tinggi (Pasal 72 Statuta), yang secara struktural dijalankan oleh Lembaga Penjaminan Mutu (Pasal 49–54 PMA 1/2021).
e. Pengawasan internal
Dilaksanakan oleh Satuan Pengawasan Internal sebagai unsur pengawas yang menjalankan fungsi pengawasan nonakademik untuk dan atas nama Rektor (Pasal 40 Statuta; Pasal 76 PMA 1/2021), termasuk mengaudit laporan keuangan Institut (Pasal 101 Statuta).
f. Pelaksanaan administrasi, evaluasi, dan pelaporan
Mencakup administrasi akademik (Pasal 79 Statuta), pengelolaan keuangan yang tertib, transparan, dan akuntabel (Pasal 89–102 Statuta), serta kewajiban Rektor menyampaikan laporan tahunan (laporan keuangan dan laporan kinerja akademik/nonakademik) kepada Direktur Jenderal maupun Menteri (Pasal 85 PMA 1/2021; Pasal 102 Statuta).
