Secara historis, pendirian Isntitut Agama Islam Negeri (IAIN) Sorong berawal dari Sekolah Tinggi Ilmu Dakwah (STID) Al-Hikmah Sorong yang dipelopori oleh Drs. H. Noer Hasjim Gandhi, seorang Veteran Tentara Sukarelawan Trikora yang ditugaskan ke Irian Barat tahun 1962 oleh Departemen Agama RI. Dengan semangat dan idealisme tinggi, serta keyakinan dan keikhlasan pengabdian ingin memajukan pendidikan dan syiar Islam bagi masyarakat muslim Papua, maka diajaklah sejumlah tokoh muslim yang ada di Kota Sorong untuk bersama-sama mewujudkan cita-cita luhur tersebut. Salah satu tokoh agama yang merespon rencana itu, adalah bapak Drs. H. Uso. Beliau selain tokoh agama Islam, ia juga tokoh pendidik yang saat itu menjabat sebagai kepala Madrasah Aliyah Negeri (MAN) yang kini menjadi MAN Model Sorong.
Kedua tokoh sentral di atas mengajak para tokoh agama Islam lokal, tokoh masyarakat, dan pengusaha muslim Sorong lainnya untuk membicarakan pendirian lembaga perguruan tinggi Islam di Papua.
Musyawarahkan yang dilakukan oleh para tokoh muslim tersebut menghasilkan kesepakatan pendirian lembaga pendidikan Islam di Sorong ini dengan nama Sekolah Tinggi Ilmu Dakwah (STID), sekaligus mendirikan sebuah yayasan sebagai tempat bernaung lembaga pendidikan tersebt dengan nama Yayayan Al-Hikmah. Nama ini pula sekaligus diabadikan menjadi nama sekolah Tinggi Ilmu Dakwah (STID) Al-Hikmah.
Dalam mengorganisasikan lembaga baru ini, para tokoh tersebut sepakat membagi bidang kerja mereka dalam dua bagian, yaitu di Yayasan dan Lembaga Pendidikan. Tokoh yang dianggap representatif mengorganisir di Yayasan diserahkan kepada tokoh-tokoh masyarakat dan pengusaha, seperti di antaranya, Bapak Joko Susilarjo (Direktur EMKL Bina Tirta), H. A. ST. Alamsyah (Hotel Pilihan), Abd. Rahman Andrias (Hotel Indah), H. Abd. Muthalib Silehu, BA (Ketua MUI 1990 – 2001), H. Zarkasi Iskandar Alam (Direktur PT. WIFI) dan Drs. H. Imam Muchlis, (pejabat/Kepala Seksi (pada Kantor Departemen Agama Kabupaten Sorong).
Sementara di bidang Pendidikan selain diorganisir oleh Bapak Drs. H. Noer Hasjim Gandhi dan Drs. H. Uso, juga dilibatkan sejumlah tokoh pendidik dan Intelektual lainnya, seperti Ir. Salim Mas’ud, Drs. Najamuddin (Departemen Penerangan), dan Drs. Arbangi (Guru SMEA).
Kepemimpinan lembaga ini sejak berdirinya dipimpin oleh:
a. Ir. Salim Mas’ud yang memimpin mulai tahun 1990 hingga 1994 (5 Tahun)
b. Drs. H. Uso 1995 s.d 2006 (12 Tahun)
Atas dasar komunikasi personal antar Dekan Fakultas Syariah IAIN Alaudin (sekarang UIN) Cabang Ambon dengan STID Al Hikmah yang saat itu telah memiliki dua jurusan, yaitu Jurusan Bimbingan Penyuluhan Islam (BPI) dan Jurusan Komunikasi Penyiaran Islam (KPI). Pihak Yayasan merespon, mengeluarkan Surat Keputusan (SK) Yayasan Al Hikmah Nomor: 04/SK/YAH/VI/1990 tertanggal 18 Mei 1990. Dengan terbitnya Surat
Keputusan Yayasan al Hikmah tersebut, maka STID al Hikmah Sorong berafiliasi dengan Fakultas Syariah IAIN Alaudin Cabang Ambon, sehingga
sebahagian Dosennya diberi kesempatan untuk menjadi Dosen Luar Biasa di STID al Hikmah Sorong.
Setelah STID beroperasi 3 Tahun, oleh Koordinator Perguruan Tinggi Agama Islam (KOPERTIS) Wilayah VIII yang saat itu dijabat oleh Prof. Dr. Hj. Andi Rosdiyanan memberikan legalitas formal tanggal 26 Agustus 1990.
Momentum tersebut dijadikan tonggak awal berdirinya Sekolah Tinggi Ilmu
Dakwah (STID) Al-Hikmah Sorong, sekaligus dirangkaikan dengan Kuliah Umum Perdana bersama Ibu Prof. Dr. Hj. Rasdiyanah yang saat itu juga menjabat sebagai Rektor IAIN Alauddin Ujung Pandang.
Satu tahun setelah mendapatkan legalitas formal dari KOPERTAIS Wilayah VIII, resmi mendapat status terdaftar berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 172 Tahun 1991 yang selanjutnya diperbaharui dengan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor E/314/1998, tertanggal 1 Oktober 1998, berubah nama dari Sekolah Tinggi Ilmu Dakwah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam.
Selanjutnya atau beberapa tahun setelah STAIS Al-Hikmah berjalan diwacanakan sebuah ide penggabungan tiga perguruan tinggi dari daerah yang berbeda untuk mendirikan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) khusus Indonesia bagian Timur. STID AlHikmah Sorong misalnya dengan representasi Fakultas Dakwah, IAIN Ternate dengan Fakultas Tarbiyah, dan IAIN Ambon merepresentasikan Fakultas Syariah dan Ushuluddin. Dengan pertimbangan jurusan dan fakultas yang berbeda, ketiga pimpinan perguruan tinggi ini sepakat ingin mendirikan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) di wilayah Timur dengan sistem satu manajerial. Namun, wacana itu kemudian tidak terealisasikan karena terbentur dengan sejumlah regulasi baru dalam internal Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Agama Islam Departemen Agama RI. Implikasinya kemudian, dihadirkan satu program pendidikan (prodi) Tarbiyah di STAI Al-Hikmah sebagai respon tuntutan sosial pada saat itu.
Secara kontekstual, Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Hikmah merupakan lembaga perguruan tinggi Islam yang kedua di Provinsi Papua, setelah perguruan tinggi sebelumnya telah ada di ibu kota Papua (Jayapura). Namun, setelah dilakukan pemekaran wilayah Provinsi Papua menjadi dua bagian, maka wilayah geografi Sorong masuk dalam wilayah Papua Barat. Dengan demikian STAI Al-Hikmah Sorong menjadi satu-satunya perguruan tinggi Islam pertama yang eksis di Provinsi Papua Barat.
Seiring dengan terbentuknya Provinsi Papua Barat dan dengan semangat Otonomi Khusus (Otsus) yang tertuang dalam Undang-undang Nomor 21 Tahun 2001 di wilayah Papua dan Papua Barat dituntut adanya peningkatan sumber daya manusia yang handal dan kompetitif. Untuk merespon hal itu, dibutuhkan lembaga pendidikan yang dapat meningkatkan efisiensi, efektivitas, dan kualitas pendidikan. Karenanya, ketika Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Hikmah dalam operasionalisasinya selama 16 tahun (1990-2006) berupaya membenahi segala keterbatasan, kelemahan, atau bahkan kekurangan yang terjadi dalam internal kampus. Saat itu, salah satu kelemahan dapat dilihat dalam membangun networking secara eksternal di tingkat lokal. Di sisi lain, secara faktual STAI AlHikmah dihadapkan pada dua persoalan atau keterbatasan internal dalam penataan bidang akademik. Kedua keterbatasan dukungan finansial (financial supporting) yang tidak normal dan infrastruktur pendidikan yang kurang memadai. Kedua persoalan tersebu berimplikasi pada output yang dihasilkan dan akhirnya, kualitas yang diharapkan relatif jauh dari harapan.
Dalam konteks lokal, kehadiran sejumlah lembaga pendidikan tinggi di Kota Sorong, baik lembaga pendidikan tinggi agama maupun umum secara tidak langsung mempengaruhi eksistensi STAI Al-Hikmah untuk selalu membenahi diri dan merefleksi segala kelemahan dan keterbatasan yang dialaminya. Karena itu, dengan kepemimpinan Drs. H. Uso yang saat itu menjadi Ketua STAI Al-Hikmah berupaya semaksimal mungkin melakukan pembenahan dan penataan internal agar STAI Al-Hikmah ini senantiasa eksis dan survive.