Struktur Organisasi IAIN Sorong
1. Dewan Penyantun
2. Rektor dan Wakil Rektor (Unsur Pimpinan)
3. Senat Institut (Badan Normatif)
4. Satuan Pengawas Internal (Unsur Pengawasan)
5. Biro Administrasi Umum, Akademik dan Kemahasiswaan (Unsur Pelaksana Administratif)
6. Bagian Layanan Umum dan Akademik
7. Lembaga Penjaminan Mutu (Unsur Pelaksana Akademik)
8. Lembaga Penelitan dan Pengabdian Kepada Masyarakat (Unsur Pelaksana Akademik)
9. Pascasarjana (Unsur Pelaksana Akademik)
10. Fakultas Syariah dan Dakwa (Unsur Pelaksana Akademik)
11. Fakultas Tarbiayh (Unsur Pelaksana Akademik)
12. Unit Layanan Perpustakaan (Unsur Pelaksana Teknis)
13. Unit Teknologi Informasi dan Pangkalan Data (Unsur Pelaksana Teknis)
14. Unit Pengembangan Bahasa (Unsur Pelaksana Teknis)
15. Ma’had Aljami’ah (Unsur Pelaksana Teknis)
Pimpinan IAIN Sorong
Rektor : Dr. Suparto Iribaram, S.Sos., M.A
Wakil Rektor I : Dr. Sudirman, M.H.I
Wakil Rektor II : Dr. Muh. Rusdi Rasyid, M.Pd.I
Kepala Biro AUPK : Dr. H. M. Arsayd Ambo Tuo, M.Ag